L’objectif de cette intégration dans son fonctionnement actuel est de faire totalement oublier l’existence même de Zigbee2mqtt.
Pour l’utilisateur, il s’agit juste d’une intégration qui lui permet de connecter ses appareils Zigbee.
Le fonctionnement « technique » doit être totalement invisible, et l’intégration doit-être stable pendant des années, sans interruption.
En séparant totalement le comportement « Zigbee » de l’intégration MQTT, on isole bien l’intégration Zigbee, et si l’utilisateur bidouille avec l’intégration MQTT (ajout d’un nouveau broker, changement de mot de passe MQTT, etc…), ça ne détruit pas l’intégration Zigbee qui fonctionne elle dans son coin.
Je suis conscient que venant de HA ça puisse te paraitre étrange, mais côté Gladys c’est une philosophie totalement différente : on part de l’utilisateur, et non de la technique.
Mmm non pas possible, car tu aurais 2 Zigbee2mqtt… Celui de Gladys et celui de HA, ça ne peut pas fonctionner.
Toi ce que tu veux c’est que Gladys parle au broker du Zigbee2mqtt de HA, et ça ce n’est pas possible actuellement.
Si tu désactive l’intégration dans l’interface, normalement ça clean les containers de manière propre.
Effectivement si tu touches au CLI, Gladys pense que les containers ont crash et donc les relance au prochain démarrage.
Je pense que tu es le premier de la communauté à tester tous ces comportements, car c’est très unique ce que tu essaie de faire 
Personne ne fait de CLI/de bidouille de fichier ici, l’ambition de Gladys c’est vraiment de proposer un produit où tout se fait dans l’UI et tout marche sans se poser de questions.
Pour faire ce que tu veux, je vois 3 pistes :
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Lancer l’intégration Zigbee2mqtt dans Gladys, et importer toute ta conf HA dans le Zigbee2mqtt de Gladys. Cela impliquer de totalement déconnecter ton Z2M de HA, et de brancher ton dongle à Gladys.
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Attendre que ce développement soit développé ( Pouvoir connecter un z2mqtt externe a Gladys ), malheureusement je ne peux pas te garantir de date, c’est une fonctionnalité qui a au final peu de demandes et de mon côté je suis personnellement focus sur la formation en ce moment
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Tester le développement 2) dans son état actuel. Comme j’avais dis sur un autre sujet, le développement a déjà été commencé (Cf PR Github) puis mis en pause car le dev a eu un enfant et est moins dispo
Néanmoins, j’avais testé le développement actuel et il me semble que ça fonctionnait déjà (l’UI est en vrai chantier en revanche, et tout ne fonctionne pas totalement…)
Si ça t’intéresse de tester, j’ai relancé ce matin un build de ce développement sur le tag Docker:
gladysassistant/gladys:z2m-setup-wizard
Je ne garantie rien, ne lance pas ce développement sur ta prod
Je sais que tout ça peut te paraître frustrant, c’est frustrant pour moi aussi de te voir galérer car pour tous les autres utilisateurs Gladys, utiliser Z2M se fait en 1 clic et ça marche super ^^